1、時間短、速度快：常規(guī)熱力殺菌是通過傳導(dǎo)、對流或輻射等方式將熱量從食品表面?zhèn)髦羶?nèi)部。要達到殺菌溫度，往往需要較長時間。微波殺菌是微波能與食品以及細菌等微生物直接相互作用，熱效應(yīng)與非熱效應(yīng)共同作用，達到快速升溫殺菌作用，處理時間大大縮短，各種物料的殺菌作用一般在3-5分鐘。低溫殺菌保持營養(yǎng)成分和傳統(tǒng)風(fēng)味。
 2、節(jié)約能源：常規(guī)熱力殺菌往往在環(huán)境及設(shè)備上存在熱損失，而微波是直接對食品進行作用處理，因而沒有額外的熱能損耗。

3、均勻徹底：常規(guī)熱力殺菌是從物料表面開始，然后通過熱傳導(dǎo)傳至內(nèi)部。存在內(nèi)外溫差。為了保持食品風(fēng)味，縮短處理時間，往往食品內(nèi)部沒有達到足夠溫度而影響殺菌效果。。

由于微波具有穿透作用，對食品進行整體處理時，表面和內(nèi)部都同時受到作用，所以消毒殺菌均勻、徹底。

4、便于控制:微波食品殺菌處理，設(shè)備能即開即用，沒有常規(guī)熱力殺菌的熱慣性，操作靈活方便，微波功率能從零到額定功率連續(xù)可調(diào)、傳輸速度從零開始連續(xù)調(diào)整，便于控制。
5、設(shè)備簡單，工藝先進:與常規(guī)消毒殺菌相比，微波殺菌設(shè)備不需要鍋爐、復(fù)雜的管道系統(tǒng)、煤場和運輸車輛等，只要具備水、電基本條件即可。